表觀遺傳學(xué)（Epigenetics）是研究在不改變DNA序列的前提下，通過(guò)可遺傳的生化修飾來(lái)調(diào)控基因表達(dá)的一門(mén)學(xué)科。它構(gòu)成了連接基因型與表現(xiàn)型的關(guān)鍵橋梁，解釋了為何擁有相同基因組的細(xì)胞（如心肌細(xì)胞與神經(jīng)元）會(huì)表現(xiàn)出截然不同的形態(tài)與功能。對(duì)表觀遺傳現(xiàn)象進(jìn)行分類(lèi)，有助于我們系統(tǒng)性地理解其復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為之前無(wú)法解釋的的正確研究成果（如小麥春化）提供更現(xiàn)代化的科學(xué)解釋。

一、 按核心生化機(jī)制分類(lèi)（經(jīng)典和基礎(chǔ)的分類(lèi)）

這是主流和基礎(chǔ)的分類(lèi)方式，主要基于四種核心的分子機(jī)制：

1. DNA甲基化 (DNA Methylation)

機(jī)制：在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMTs）的催化下，將S-腺苷甲硫氨酸（SAM）提供的甲基基團(tuán)共價(jià)添加到胞嘧啶（C）的第5位碳原子上，形成5-甲基胞嘧啶（5mC）。這通常發(fā)生在CpG二核苷酸（胞嘧啶后接鳥(niǎo)嘌呤）密集的區(qū)域，即“CpG島"。

效應(yīng)：一般而言，基因啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島發(fā)生高甲基化會(huì)吸引抑制性蛋白（如甲基-CpG結(jié)合域蛋白MBDs），導(dǎo)致染色質(zhì)凝集，抑制基因轉(zhuǎn)錄。相反，低甲基化通常與基因激活相關(guān)。DNA甲基化是基因印記、X染色體失能和細(xì)胞命運(yùn)決定的關(guān)鍵機(jī)制。

2. 組蛋白修飾 (Histone Modification)

機(jī)制：組蛋白是染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)單位，其N端尾部可發(fā)生多種共價(jià)化學(xué)修飾，包括：

甲基化（Methylation）：發(fā)生在賴氨酸（K）和精氨酸（R）上。效應(yīng)復(fù)雜，取決于修飾的位點(diǎn)和程度（單、雙、三甲基化）。例如，H3K4me3（組蛋白H3第4位賴氨酸三甲基化）是基因激活的標(biāo)志。

乙酰化（Acetylation）：發(fā)生在賴氨酸（K）上，由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶（HATs）催化。它能中和組蛋白的正電荷，降低其與帶負(fù)電的DNA的親和力，使染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變得松散，顯著促進(jìn)基因轉(zhuǎn)錄。而去乙酰化酶（HDACs）則移除此修飾，導(dǎo)致基因沉默。

其他修飾：還包括磷酸化、泛素化、SUMO化等，它們共同構(gòu)成了復(fù)雜的“組蛋白密碼"，被特定蛋白識(shí)別從而調(diào)控下游事件。

效應(yīng)：組蛋白修飾通過(guò)改變?nèi)旧|(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)來(lái)調(diào)控基因表達(dá)。開(kāi)放的、轉(zhuǎn)錄活躍的染色質(zhì)區(qū)域稱(chēng)為常染色質(zhì)（Euchromatin），而凝集的、轉(zhuǎn)錄沉默的區(qū)域稱(chēng)為異染色質(zhì)（Heterochromatin）。

3. RNA修飾 (Chromatin Remodeling)

機(jī)制：m6A是真核生物mRNA中常見(jiàn)、豐富的內(nèi)部化學(xué)修飾。即在腺嘌呤（A）的第6位氮原子上添加一個(gè)甲基基團(tuán)。該過(guò)程由甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物催化；可以被如FTO、ALKBH5去除；其功能由相關(guān)功能蛋白特異性識(shí)別并執(zhí)行。

效應(yīng)：m6A修飾的功能極為多樣，幾乎參與了mRNA生命周期的每一個(gè)環(huán)節(jié)包括：調(diào)控翻譯效率、影響mRNA穩(wěn)定性、調(diào)控pre-mRNA剪接、控制細(xì)胞核質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)等。

其他還有m5C（5-甲基胞嘧啶）、A-to-I編輯（腺苷-to-次黃苷編輯）、假尿苷等重要修飾方式。

4. 非編碼RNA調(diào)控 (Regulation by Non-coding RNAs)

機(jī)制：不編碼蛋白質(zhì)的RNA分子通過(guò)堿基互補(bǔ)配對(duì)的方式參與基因表達(dá)的調(diào)控。主要包括：

微小RNA（miRNA）：與靶mRNA的3‘非翻譯區(qū)（3’UTR）結(jié)合，導(dǎo)致mRNA降解或翻譯抑制。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）：作用機(jī)制極其多樣，可作為腳手架引導(dǎo)染色質(zhì)修飾復(fù)合物到特定基因組位點(diǎn)（如Xist RNA導(dǎo)致X染色體失活），或作為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA“海綿"吸附miRNA。

小干擾RNA（siRNA）：與靶mRNA互補(bǔ)，直接導(dǎo)致其降解，是RNA干擾（RNAi）的核心。

效應(yīng)：在轉(zhuǎn)錄后水平（如miRNA、siRNA）和轉(zhuǎn)錄水平（如lncRNA）實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的精細(xì)和網(wǎng)絡(luò)化調(diào)控。

二、 按功能與可遺傳性分類(lèi)

1. 細(xì)胞記憶型（體細(xì)胞遺傳）

描述：這類(lèi)表觀遺傳信息在細(xì)胞分裂過(guò)程中被忠實(shí)地傳遞給子代細(xì)胞，從而維持細(xì)胞的身份和功能穩(wěn)定性。

例子：一個(gè)肝細(xì)胞分裂后，產(chǎn)生的兩個(gè)子代細(xì)胞仍然是肝細(xì)胞，這是因?yàn)榫S持“肝細(xì)胞身份"的基因表達(dá)模式（即特定的DNA甲基化和組蛋白修飾譜）被復(fù)制和遺傳了。這解釋了細(xì)胞分化的穩(wěn)定性。

2. 代間遺傳 (Transgenerational Inheritance)

描述：指親代（尤其是孕期的雌性個(gè)體）所經(jīng)歷的環(huán)境因素（如營(yíng)養(yǎng)、壓力、毒素暴露）誘導(dǎo)產(chǎn)生的表觀遺傳改變，能夠繞過(guò)配形成過(guò)程中的表觀遺傳重編程，傳遞到F2（孫代）甚至更遠(yuǎn)的后代。

例子：著名的“荷蘭饑餓冬天"研究顯示，孕期經(jīng)歷饑荒的女性，其子女和孫代患代謝性疾病的風(fēng)險(xiǎn)更高，這被認(rèn)為與精子中保留的特定DNA甲基化模式有關(guān)。

3. 環(huán)境響應(yīng)型

描述：表觀基因組并非靜態(tài)，而是動(dòng)態(tài)響應(yīng)外界環(huán)境信號(hào)（如飲食、運(yùn)動(dòng)、壓力、毒素、藥物等）。

例子：高脂飲食可以改變肝臟代謝相關(guān)基因的甲基化狀態(tài)；體育鍛煉可以誘導(dǎo)肌肉細(xì)胞中促進(jìn)能量代謝基因的組蛋白乙酰化。這類(lèi)改變通常是可逆的，為通過(guò)生活方式干預(yù)健康提供了理論基礎(chǔ)。

三、 按對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控方向分類(lèi)

激活型表觀遺傳標(biāo)記：如H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, DNA低甲基化等。

抑制型表觀遺傳標(biāo)記：如H3K9me3, H3K27me3, DNA高甲基化等。

總結(jié)與意義

表觀遺傳學(xué)的分類(lèi)體系揭示了生命調(diào)控的層次性和復(fù)雜性。這些機(jī)制并非孤立工作，而是構(gòu)成了一個(gè)高度互聯(lián)、相互協(xié)同又相互制衡的網(wǎng)絡(luò)。

表觀遺傳學(xué)的分類(lèi)是我們解開(kāi)基因表達(dá)時(shí)空特異性調(diào)控之謎的鑰匙，正指點(diǎn)著我們進(jìn)入一個(gè)對(duì)生命現(xiàn)象理解更為深刻的新時(shí)代。